mirna数据库,生物信息学研讨的得力助手

以下是几个常用的miRNA数据库及其简介：

1. miRBase： miRBase是一个供给已宣布的miRNA序列数据、注释和猜测基因靶标等信息的全方位数据库。它是存储miRNA信息最首要的公共数据库之一。当时版别（miRBase 16）包含超越15,000个miRNA基因位点和17,000个共同的老练miRNA序列。

2. miRTarBase： miRTarBase数据库积累了超越360,000个试验验证的miRNA靶基因相互效果（MTIs），这些数据是经过手动查询相关文献搜集的。

3. ViTa数据库： ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包含已知的病毒miRNA以及由miRanda和TargetScan猜测的宿主miRNA靶基因。ViTa还供给有用的注释，包含人类miRNA的表达状况和病毒感染的安排等。

4. PmiREN： PmiREN（植物microRNA百科全书）是一个专心于植物miRNA的归纳数据库，由北京大学生命科学学院李磊研讨组与合作者开发。当时版别（2.0）中收录了179种植物的38,186个miRNA位点和多个用于miRNA调控网络与功用研讨的东西。

5. miRNASNP： miRNASNP数据库致力于辨认miRNA和或许影响miRNA生物产生和结合的基因中的SNP和DRV。根据miRNASNP，现已确认了几个功用性SNP并进行了试验验证。

这些数据库为研讨人员供给了丰厚的miRNA序列、注释、靶基因猜测和试验验证数据，有助于进一步研讨和了解miRNA的功用和机制。

深化探究miRNA数据库：生物信息学研讨的得力助手

跟着生物信息学技能的飞速发展，miRNA（microRNA）数据库在基因表达调控研讨中扮演着越来越重要的人物。本文将为您具体介绍miRNA数据库的概略、功用以及怎么使用这些数据库进行生物信息学研讨。

miRNA是一种非编码RNA分子，经过与其靶基因的3'非翻译区（3'UTR）结合，调控基因表达。miRNA数据库是存储miRNA序列、注释、靶标猜测等信息的数据库，为研讨人员供给了丰厚的miRNA资源。

miRNA数据库具有以下功用：

存储miRNA序列：供给miRNA的序列信息，便利研讨人员进行序列比对和剖析。

miRNA注释：供给miRNA的基因称号、物种、染色体方位等注释信息。

靶标猜测：猜测miRNA的靶基因，协助研讨人员了解miRNA的调控网络。

表达谱剖析：供给miRNA在不同安排、细胞类型和疾病状态下的表达谱数据。

互作网络剖析：剖析miRNA与其他分子（如蛋白质、DNA）的互作联系。

miRBase：供给miRNA序列、注释、靶标猜测等信息，是现在最全面的miRNA数据库之一。

starBase：一个高通量试验数据支撑的miRNA靶标数据库，包含miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA等调控联系。

miRBase：供给miRNA序列、注释、猜测基因靶标等信息，是存储miRNA信息最首要的公共数据库之一。

ChIPBase：整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据讨论miRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->miRNA->靶标的调控网络。

Tarbase：一个搜集已被试验验证的miRNA靶标数据库。

miRecords：一个整合的miRNA靶标数据库，整合多个靶标猜测软件的调控联系。

targetScan：根据靶mRNA序列的进化保存等特征搜索动物的miRNA靶基因。

PicTar：根据miRNA或miRNA靶标联合效果等特征开发的搜索动物的miRNA靶基因。

miRNA数据库在生物信息学研讨中的使用首要包含以下几个方面：

miRNA功用研讨：经过剖析miRNA的表达谱和靶标基因，研讨miRNA在特定生物学过程中的效果。

疾病研讨：研讨miRNA在疾病产生发展中的效果，为疾病诊断和医治供给新的思路。

药物研制：使用miRNA数据库挑选潜在的药物靶点，为药物研制供给支撑。

基因修改：使用miRNA数据库规划基因修改战略，完成对特定基因的调控。

miRNA数据库是生物信息学研讨的重要东西，为研讨人员供给了丰厚的miRNA资源。跟着miRNA研讨的不断深化，miRNA数据库将在生物信息学范畴发挥越来越重要的效果。